Fundacja Krzyżowa jest organizacją pożytku publicznego – prowadzi działalność bez nastawienia na osiąganie zysku. Wszystkie przychody służą finansowaniu merytorycznej pracy lub wykorzystywane są na utrzymywanie ośrodka. Działalność Fundacji finansowana jest z dotacji przyznawanych na realizację konkretnych projektów. Rada Nadzorcza i Rada Fundacji pracują społecznie.